真菌的介绍

真菌是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌之类的微生物，及最为人熟知的菇类。真菌自成一门，和植物、动物和细菌相区别。真菌和其他三种生物最大的不同之处在于，真菌的细胞有含甲壳素为主要成分的细胞壁，和植物的细胞壁主要是由纤维素组成的不同。卵菌和黏菌在构造上和真菌相似，但都不算是真菌。研究真菌的学科称为真菌学，通常被视为植物学的一个分支，虽然事实显示，真菌和动物之间的关系要比和植物之间更加亲近。

虽然真菌遍及全世界，但大部分的真菌并不显眼，因为它们很小，而且它们会以保护色生活在土壤内、在腐质上、以及和植物、动物或其他真菌共生。部分菇类及霉菌可能会在结成孢子时变得较显眼。真菌在有机物质的分解中扮演着极重要的角色，对养分的循环及交换有着基础的作用。真菌从很久以前便被当做直接的食物来源（如菇类及松露）、面包的膨松剂及发酵各种食品（如葡萄酒、啤酒及酱油）。1940年代后，真菌亦被用来制造抗生素，而现在，许多的酵素是由真菌所制造的，并运用在工业上。真菌亦被当做生物农药，用来抑制杂草、植物疾病及害虫。真菌中的许多物种会产生有生物活性的物质，称为霉菌毒素（如生物碱和聚酮），对包括人类在内的动物有毒。一些物种的孢子含有精神药物的成份，被用在娱乐及古代的宗教仪式上。真菌可以分解人造的物质及建物，并使人类及其他动物致病。因真菌病（如稻热病）或食物腐败引起的作物损失会对人类的食物供给和区域经济产生很大的影响。

真菌门的物种之间不论是在生态、生命周期及形态（从单细胞水生的壶菌到巨大的菇类）都有很大的差别。然而，对真菌门真正的生物多样性其实了解得还很少，预估大约有150万个物种，而之中被正式分类的则只有约5%。自从18、19世纪，卡尔·林奈、克里斯蒂安·汉德里克·珀松及伊利阿斯·马格努斯·弗里斯等人在分类学上有了开创性的研究成果之后，真菌便已依其形态（如孢子颜色或微观构造等特征）或生理给予分类。在分子遗传学上的进展开启了将DNA测序加入分类学的道路，这有时会挑战传统依形态及其他特征分类的类群。最近十几年来在亲缘关系学上的研究已帮助真菌界重新分类，共分为一个亚界、七个门及十个亚门。

虽然一般被放在植物学的课程及教科书之中，但真菌其实比起植物，和动物之间的关系要来得更亲近，且和动物一样为后鞭毛生物内的单系群利用分子亲缘关系学的分析，证实了真菌为一单系群[真菌的分类是不断地在变动的，特别是在以DNA比对为基础的最近研究之中。最近在亲缘关系学上的研究时常会推翻之前由形态特征及由实验配种获得的物种概念等旧方法得来的分类。

在高层的分类单元中还不存在一个唯一且被广泛接受的系统，并且在每一层之中都会有频繁的名称异动，由物种上至门。学者们现在正在努力建立且促使一个统一且更一致的命名法的使用。真菌的物种依其生命周期及生殖方法（有性或无性），可以有两种以上的科学名称。一些如真菌索引及ITIS之类的网站有列出真菌物种的最新名称。

2007年真菌界分类法是许多真菌学家及其他研究真菌分类学的科学家们进行大规模合作研究所得来的成果.此分类法将真菌界分成七个门，其中的子囊菌门及担子菌门归于双核亚界之中。左边的分支图描绘出真菌界主要的分类单元，以及真菌界和后鞭毛生物与单鞭毛生物之间的关系。分支的长度并不正比于演化的长度。

真菌主要的门(有时叫做类)主要是通过它们的生殖结构上的不同特征来分类的。当前，真菌共分成七个门：小孢子虫门、壶菌门、芽枝霉门、新丽鞭毛菌门、球囊菌门、子囊菌门及担子菌门

系统发育学上的分析已证明微孢子虫门（动物及单细胞生物上的单细胞寄生虫）是相当近期且高度衍生的组织内寄生真菌（生存于其他物种的组织内）。2006年的一项研究断定微孢子虫门为其他真菌的旁系群。 Hibbett和其同事认为此一研究并不会和他们对真菌的分类产生冲突，虽然微孢子虫门提升到门这一分类单元，为了弄清楚此类群之内的演化关系，还需要更多的研究。

壶菌门的真菌分布在世界各地。壶菌会产生游动孢子，可以在液体中以单一个鞭毛自主地移动，这使早期的分类学家误以为它们是单细胞生物。由核糖体内的rRNA序列做出的分子亲缘关系学研究推定，壶菌为其他（由四个推定为并系群，或可能为多系群的分支所组成的）真菌门的基本分支。

芽枝霉门之前被认为是壶菌门内的一分支。然而，最近的分子资料及超微构造上的特征将芽枝霉门归成接合菌门、球囊菌门及双核亚界（子囊菌门及担子菌门）的旁系群。芽枝霉门是腐生生物，分解有机物质来获取养分，且为所有真核生物的寄生虫。不像其最亲近的壶菌门是行合子减数分裂，芽枝霉门行孢子减数分裂]。

新丽鞭毛菌门之前归于壶菌门内。此门内的真菌为厌氧生物，生存于大型草食性哺乳动物的消化系统内，亦可能生存于其他的地上及水中环境里。新丽鞭毛菌门缺乏粒线体，但含有氢化酶体。做为壶菌门的近亲，新丽鞭毛菌门亦会产生游动孢子，其孢子有单一后鞭毛或多鞭毛等类型。

球囊菌门会形成丛生菌根，会侵入植物的根部细胞，和植物共生，以增加养份的供给来使双方都获得好处。所有现知的球囊菌门的物种皆行无性生殖。球囊菌门和植物之间的共生关系非常久远，可追溯至4亿年前之久。球囊菌门之前为接合菌门的一部份，但在2001年提升为门，且在现在取代了接合菌门。之前归于接合菌门的真菌现在被重新归于球囊菌门，或地位未知的亚门（毛霉菌亚门、梳霉亚门、捕虫霉菌亚门及虫霉菌亚门）之中。和医学相关的属有毛霉属、根粘霉属及根霉属。

子囊菌门是真菌界中最大的分类类群.此类真菌会产生减数分裂的孢子，称为囊孢子，被包在称为子囊的特化囊状构造中。子囊菌门包含牛肚菌、一些菇类及松露、单细胞的酵母（如酵母属、克鲁维酵母属、毕赤酵母属及假丝酵母属），以及其他生为腐生生物、寄生虫及共生生物的丝状真菌。丝状的子囊菌门生物中较显著及重要的属包括曲霉属、青霉菌、镰孢菌属及麦角菌属。许多子囊菌门的物种只被观察到行无性生殖，但在分子资料上的分析则时常能确认出其有性世代。因为减数分裂的产品会留在囊状的子囊内，子囊菌门曾被用来说明遗传学的原理（如粉色面包霉菌）。

担子菌门会在称为担子的柄上产生称为担孢子的孢子。最常见的菇类属于此类群，柄銹菌及会黑穗菌等主要的谷物病原体也一样属于此类群。其他重要的担子菌门生物亦包括玉米病原体（玉米黑穗菌、与人类偏利共生的属（马拉色菌属）及会机会性感染人类的病原体（新型隐球菌）。